DESY mit seinen rund 2000 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern wird von einem Direktorium unter dem Vorsitz von Prof. Helmut Dosch geleitet. Die drei Forschungsbereiche von DESY werden jeweils von einem Direktor vertreten. Hinzu kommen der kaufmännische Bereich, der Vertreter des DESY-Direktoriums in Zeuthen sowie der Bevollmächtigte des Direktoriums für Innovation.