Nachdem er von einigen deutschen Universitäten mangels eines Schulabschlusses nicht angenommen wurde, wurde er 1865 endlich ohne große Probleme an der ETH (Eidgenössische Technische Hochschule, früher auch Polytechnikum genannt) in Zürich angenommen. Nachdem er das Maschinenbaustudium dort mit dem Abschluß "Diplom" erfolgreich bestanden hatte, machte er am 22.6.1869 auch noch seinen Doktor in Physik mit einer Arbeit zu "Studien über Gase" an der Universität Zürich.

Wilhelm Conrad Röntgen habilitierte sich (d.h., er war nun berechtigt, zum Professor berufen zu werden) 1874 im Fach "Experimentalphysik" in Straßburg. Dort war er auch ab 1876 Professor für Theoretische Physik.

Über all diese Jahre hinweg erlangte er immer mehr Respekt und Anerkennung, vor allem für sein gewissenhaftes Experimentieren. Das führte dazu, daß er Angebote von sehr bekannten Universitäten bekam, unter anderem auch von der Uni Gießen. Dieses nahm er an und war von 1879 bis 1888 dort Professor für Physik.